Jóllehet Mözs első írásos említése 1335-ből, egy Vatikánban őrzött jegyzékben fordul elő, tudható, hogy a mai Mözs környéke már az őskorban lakott volt. Később is megmaradhatott a hely varázsa, tekintve, hogy a római, majd a hun, később a honfoglalás korabeli időkből is találtak itt régészeti emlékeket. A mai Mözs környékén egyébként négy település is létezett: Icse, Ság, Fehérvíz és Mözs. Utóbbit a 14. századi dokumentumban még Mesk-ként említették, később Mes és Mies alakban is előfordult. A hozzáértők szerint a finnugor mesi szó után, ami mézet jelent.
A középkori krónika meglehetősen hiányos Mözzsel kapcsolatban, az viszont biztos, hogy már 1541-ben török hódoltsági területté vált. A 15 éves háború ennek a falunak a sorsát is megpecsételte átmenetileg, ekkor teljesen elnéptelenedett. Az évszázadig lakatlan faluba a 18. század elején kezdődött a bevándorlás. Az első betelepülők felvidéki szlovákok (tótok) voltak, majd németországi betelepülők érkeztek, elsősorban Németország délnyugati részéből.
Magyarok a 18. században csak kevesen éltek itt. Figyelemreméltó, hogy a különböző nemzetiségek jól megfértek egymással, amiből egységes helyi kultúra és nyelvjárás is kialakult.
A mözsiek főleg mezőgazdaságból éltek, de akadtak kézművesek is a faluban. Az 1848 utáni jobbágyfelszabadítás elősegítette az agrártermelés intenzívebbé válását. Mözs ázsióját jelentősen emelte, hogy 1883-ban ide is elért az országos vasúti hálózat. Állomása azóta is csak Mözsnek van, a vasútvonal a régi Tolnát nem érinti. 1889-ben indult el a tejszövetkezet.
Az 1920-as év újabb jelentős mérföldkő volt Mözs gazdasági életében: elindult a település első ipari üzeme, a gőzmalom. Ami egyébként ma is üzemel, persze már nem gőz hajtja. 1926-ban pedig a villany is felgyulladt Mözsön.
Igaz, hogy Mözs a II. világháború előtt is főként német nemzetiségű település volt, a Volksbundba, vagy az SS-be csak néhányan léptek be a faluból. A mözsiek zöme magyar identitással bírt, így harcolt a keleti fronton. Nagyon sokan nem is tértek haza.
1946-47-ben a mözsi németek is áldozatul estek a kollektív bűnösség elve őrületének: a német anyanyelvű lakosokat kitelepítették a házaikból, elvették a vagyonukat és német nyelvterületre szállították őket. Helyükre felvidéki magyar gazdákat, Hajdú-Bihar megyei nincsteleneket és bukovinai székelyeket telepítettek le. A németek egy része azonban nem törődött bele a sorsába, és a szekszárdi szőlőhegyen bujkálva kibekkelte a rehabilitációig.
A háború előtt kizárólag katolikusok éltek a faluban. A betelepülök közt azonban jelentős számban voltak reformátusok, így megalakult a református egyházközség is, amely máig működik.
Mözsön azokban az időkben is a mezőgazdaság volt a jellemző. Az 1959-ben alakult Új Élet Tsz a megyei élvonalhoz tartozott, különösen a kertészeti ágazata.
A település máig többnemzetiségű, ahol a magyarok kerültek túlsúlyba, de továbbra is jelen vannak a németek, tótok és a cigányok is.
Mözs 1966-ban egyesült Tolnával. 1989-ben a mözsiek a tolnaiakkal együtt szintén városlakókká váltak.
